植物资源开发和保护力度不够。国内地域辽阔，气候条件多样，涵盖了从寒带到热带多种气候带，植物资源丰富，银杏树苗木资源更是达到数万种。可以说，即便是荷兰、日本、墨西哥这样的生产大国，由于国土面积的限制，气候条件较为单一，银杏树苗木品种远不及国内丰富。但国内真正应用于绿化工程的银杏树苗木品种仅有几百种，大部分品种尚未得到开发利用。国内丰富的植物资源常被其他国家引进栽培，通过引种驯化，培育出新的植物品种。如今国际市场热销的月季品种，绝大多数都是以国内月季为基础培育的新品种，往往对国内月季的产销造成冲击。主要的生产国都很重视对银杏树苗木品种权的保护，如荷兰设立专门的执法机构负责检查品种繁殖，新品种使用者必须与拥有者签订品种权使用许可协议，按种植面积交纳专利使用费。而日本自2004年起，要求从国外进口的品种需出具合法证明。
市场管理不规范。国内银杏树苗木市场历史悠久，但长期以来以散户经营为主，没有形成统一的市场规范和强有力的监管措施，致使一些假冒伪劣银杏树苗木流入市场。为保证银杏树苗木质量，荷兰很早就成立了鲜切花及观赏植物检疫服务部(NAKB)，凡是从事银杏树苗木生产及经营的企业都必须是该组织的成员，其主要负责检查成员单位的产品是否符合质量标准，一旦发现问题，可以取消违规企业的资格认定证书。显然，NAKB的检疫制度适用于规模化生产的银杏树苗木企业，而国内目前的散户经营方式则难以推行。
产品同质化严重，缺乏优质品种。目前，国内银杏树苗木生产已形成一定规模，但低水平重复生产较多，多数苗圃品种雷同，总体上档次偏低，难以形成竞争力。由于受传统种植观念的影响，育苗跟风现象比较普遍，树种大同小异，加上银杏树苗木生产者缺乏先进种植理念和特种银杏树苗木经营思想，导致中小规格的银杏树苗木供过于求，大规格、新品种银杏树苗木则出现短缺。同时，高技术含量、高附加值的产业发展滞后，产业规模小，专业化程度低。尽管国内产量逐年扩大，但大中型企业不到20％，整体生产规模偏小，造成国内市场缺乏优质产品，种苗、种球、成品等主要依赖进口。业始终注重产业结构的均衡，花坛植物、观叶植物、盆花、切花同步发展，产量和销售额都出现了不同程度的增长。